19世纪中叶后，清廷不敌英、法、俄、日等国的侵略，被迫签下了许多不平等条约。继后，美国基督教会遂来到中国开始兴办教育，1879年起基督新教卫理公会先后在苏州创办了博习书院、宫巷书院，在上海创办了中西书院。1900年三院合并，以宫巷书院为基础，在苏州天赐庄博习书院旧址上扩建大学，年底，20世纪初的中国第一所民办大学——东吴大学诞生，其管理权全为外国人执掌。

东吴大学创立后的26年中，历经三位美籍校长的努力，学校教学大楼、教职工和学生宿舍等设施相继建成，校园规模日趋完备。学科发展包括文、理、医学、神学及法科（在上海），另有4所附中、20所附小等。学校学术研究气氛浓厚，以“Unto a Full-grown Man”为校训，强调学生人格的陶冶和自立。

“五·四”运动激发了中国知识分子的爱国热情，为顺应中国社会的潮流，东吴大学逐步进行中国化的过程。1926年首先废除宗教必修课程，礼拜仪式亦改为学生自由参加。继而改组校董会，其中国人占三分之二。1927年开始校长也由中国人担任，并订立了“养天地正气、法古今完人”的中文校训，以此培养高素质、高规格有用之才。至1930年东吴在校学生数达755人，为全国基督教大学之冠。

抗日战争期间，苏州、上海两校区受战事影响，辗转迁徙各地。1945年，东吴师生重返校园，展开艰苦的复校工作。1952年全国高等院校院系调整，东吴大学撤消停办，在上海的法学院，并入华东政法学院，会计系并入上海财经学院；在苏州的部份系科就地移交苏南师范学院（是为现在苏州大学前身），化工系并入华东化工学院。

附记：1952年东吴大学化工系调来我校教师8名，学生94名。教师吴志高，1941年获美国俄亥俄州立大学化学工程系博士学位，曾任东吴大学化工系主任，三级教授；严秉淳，留学美国纽约理工学院，曾任东吴大学化工系主任，四级教授。